区区天牢本是困不住水玲珑的，她甘愿走进天牢也是为了试探朱昶基而已。然而朱昶基的冷绝让水玲珑伤心欲绝，最后心灰意冷悲愤不已的水玲珑狂性大作，以天女散花的形势在大明皇宫狂下蛊毒之后，带着孩子愤然离去。
大明皇室一度陷入混乱之中，偌大的皇宫内苑，有数千人同时中蛊，天牢守卫自是不用说，后宫太监宫女和嫔妃也有无数中招，连居于东宫的朱昶基的太子妃和小皇子都没有逃过中蛊的厄运。而事实上，朱昶基的妻儿才是最受蛊毒摧残的人。
大明皇宫之中多数人中蛊不过是昏睡不醒，而朱昶基的妻儿却是日日夜夜饱受痛苦，蛊虫作怪时，大人尚且疼得满地打滚，小皇子更是日日夜夜啼哭不休。
未免引起恐慌，皇帝当机立断，闭朝数日，对外宣称是皇宫内苑突然急疫，封闭了皇宫，封锁了消息。
水玲珑的蛊毒非同一般，御医们自然束手无策，连阎门先祖也没有应对之策。整个皇宫一片愁云惨淡。皇帝勃然大怒，将朱昶基骂了个狗血淋头，并命他带兵去将水玲珑抓回来，给众人解蛊。
朱昶基推脱不过，百般无奈之下，只好道出实情。原来娶亲生子，登上太子之位的，并非真正的朱昶基，而是明高宗。兄弟二人竟早已神不知鬼不觉地对调了身份。
朱昶基之所以对水玲珑不辞而别，就是因为不愿受婚约束缚，失去自由。可后来皇帝把他困在皇宫不说，还硬要给他塞一个王妃，朱昶基自然是不乐意的。
恰好明高宗对皇帝为朱昶基选定的媳妇却十分中意，兄弟二人商议了一番，便暗中达成了协议，偷偷互换了身份。由明高宗取代朱昶基娶亲生子当太子，而朱昶基则以明高宗的身份，领兵出征，照样在外过着天高皇帝远的逍遥日子。
明高宗与朱昶基是孪生兄弟，二人之间又相互了解，无须掩饰，外人都未必能分辨仔细。刻意模仿对方之后，二人更是真假难辨，成功地骗过了所有人的眼睛，就是明高宗的枕边妻都不曾发现过。
兄弟二人暗中约定，若无意外，这辈子都不泄露互换身份的事。若不是水玲珑的突然出现，这个秘密或许会成为一辈子的秘密！
明高宗告知兄弟二人互换身份的事之后，皇帝的愤怒可想而知，当下便连下数道急昭，将远在西北边关的朱昶基召回京城。朱昶基回到皇宫之后，这才知道水玲珑抱着孩子前来寻找自己的事情。得知水玲珑因误会自己见异思迁，对大明皇宫之中投放蛊毒的事，朱昶基整个震惊了！
面对龙颜大怒的皇帝，沉郁不快的明高宗，以及饱受蛊毒摧残的太子妃和小皇子，朱昶基毅然负荆请罪，主动请缨前往巫灵谷请水玲珑解蛊。
然而当朱昶基千方百计来到巫灵谷的时候，水玲珑却并不在谷中，反而去向不明。朱昶基也是至此才知道，水玲珑为了自己竟抛弃了整个御水族。
新任巫灵谷主得知水玲珑在大明皇宫下蛊的事后，为息事宁人便主动带着几位长老不远千里来到大明皇宫解蛊。
在新任巫灵谷主的帮助之下，大明皇宫的蛊毒顺利得以缓解，沉睡不醒的人们纷纷平安苏醒，就是太子妃和小皇子也重获新生。
不过蛊毒灾难虽解，皇帝却落下了心病。御水族人的巫蛊之术出神入化，只水玲珑一人就可以让整个皇宫瘫痪，这样的邪恶力量，不得不让皇帝对御水族人起了忌惮之心。尤其这御水族人还隶属番族，不能为大明所用。
于是，在巫灵谷主和几位长老为大明皇宫众人解除蛊毒之后，皇帝以答谢为由宴请他们，却暗中命阎门先祖暗中在酒水中做了手脚，将他们杀得一个不剩。为绝后患，皇帝甚至秘派阎门先祖率领暗卫精兵前往巫灵谷屠杀御水族人。
那时候的巫灵谷还不像现在这样结界重重，迷障深深，只要找对地方，就能轻易找到他们的大本营。那时的御水族人也是如阎门一样过着群居的生活，因为久居深山，与世隔绝，他们甚至带着几分不谙世事的天真醇厚。
御水族人的蛊术虽是举世无双，可是打仗抗敌却是十分薄弱。加上鲜少与外人交往，他们脑子里甚至几乎没有敌人的概念，也没有害人的念头。面对阎门先祖率领的不速之客，他们唯有手足无措，束手就擒的份。阎门先祖没有费太多心神，便占领了整个巫灵堡。
虽然觉得御水族人十分无辜，虽然心中十分不忍，可到底君命不可违，就在阎门先祖怀揣着罪恶感准备遵守皇命将御水族人一网打尽的时候，朱昶基带着水玲珑回到了巫灵谷。
看到原本的世外桃源沦为一片废墟，见到自己的族人沦为待宰羔羊，水玲珑怒不可遏。回到巫灵谷坐镇的水玲珑毅然挑起大梁，鼓动族人反抗，打算与大明皇室决一死战，为族人报仇。
深入巫灵谷，阎门先祖这一次自然是有备而来的，早在他围捕御水族人之前，他便悄悄在他们的蛊虫中做了手脚，灭掉了大部分蛊虫。水玲珑没有蛊虫做后盾，又一掌难敌四手，自然落败。
水玲珑被擒之后，朱昶基跪请阎门先祖放过水玲珑，并恳请朱昶基撤兵退出巫灵谷，放无辜的御水族人一条生路。朱昶基的深知这一切灾难都是因自己而起，他唯一能做的便是防止流血事件再次发生。
阎门先祖本就心怀不忍，面对朱昶基这样的恳求，自然更是下不了手了。阎门先祖将情况一五一十报告给皇帝之后，皇帝又一次龙颜大怒。
朱昶基和明高宗兄弟对调身份的事，已经足够让皇帝烦心了，朱昶基竟还是这样不知轻重，身为一国太子，未来的储君，竟做出这样荒唐的事情。朱昶基偶尔让明高宗假扮自己，溜出去玩一圈，这也就罢了，竟是连太子之位和王妃也都拱手相让，怎能不让皇帝闹心。
而今朱昶基顶撞自己，违抗他的旨意不说，竟还帮着御水族人抵御攻击大明的部队，更甚至以死相逼，要挟皇帝不得攻击巫灵谷。皇帝虽然气愤朱昶基的荒唐，可终归虎毒不食子。
在水玲珑立下御水族人永世不得踏入大明国境的毒誓之后，皇帝便以朱昶基失德为借口，顺理成章地下诏废了朱昶基的太子之位，改立了明高宗为太子。
朱昶基不放心皇帝，为保水玲珑的安全和巫灵谷的平静，主动留在了巫灵谷中，留在了水玲珑的身边。这一场风波这才算是有惊无险地度了过去。
听到这里，除了阎清堂意外，沈梦璐，朱鄞祯和阎翀翊三人已经彻底惊呆了。
朱鄞祯做梦也没有想到，原来他们大明皇室和御水族人竟有着这样纠缠不清的恩怨。“慧智大师，按你这样说来，朱昶基根本就没有想要当皇帝，那说他密谋夺嫡又是怎么回事？”
慧智大师望了朱鄞祯一眼，长长地叹息了一声。“阿弥陀佛，冤孽啊！一切都是冤孽啊！”
本来明高宗当上太子，朱昶基随御水族人隐居巫灵谷后，这也算是个皆大欢喜的结局。
然而好景不长，这样的安宁过了不到一年时间，伴随着明高宗妻儿的突然离世而再次被打破了。
原来当初水玲珑对明高宗的妻子和孩子下的蛊毒却是非同一般的，当时一心想要报复朱昶基的水玲珑，同时对明高宗的妻儿下了两种蛊毒。新任巫灵谷主为他们解蛊的时候，只是解了浅表的一种，另一种深藏不露的蛊毒，却被忽略了。
此种蛊毒发作的时候来势汹汹，明高宗写给朱昶基的求助信笺尚未抵达，明高宗的妻儿便一命呜呼了。明高宗悲痛之余，对水玲珑产生了无与伦比的憎恶。
为了给自己的妻儿报仇，明高宗便亲自带队突袭了巫灵谷。皇帝一来痛心皇长孙早夭，二来一心想要拔掉巫灵谷以绝后患，便默认了明高宗的举动。
朱昶基为保水玲珑和巫灵谷周全，不惜亲自率领御水族人与明高宗带领的部队正面交锋大打出手，兄弟最终反目成仇。那一场兄弟恶战，擅用蛊术的御水族人，取得了压倒性的胜利，而明德宗带领的大明军队死伤无数，一度震动朝野，闹得沸沸扬扬。
可天下人只知道明高宗兄弟反目，却鲜少有人知道兄弟争斗的真正原因。为了给天下人一个交代，为了给明高宗死去的妻儿一个交代，皇帝便做出了朱昶基逆谋夺嫡这样的解释。