虽然穆斯lin商人于伊斯兰时代初期即抵达东南亚，但迹象显示穆斯lin最早于13世纪居住于苏门答腊北部，印度尼西亚其他地区逐步采行伊斯兰教，伊斯兰教在爪哇及苏门答腊地区至16世纪末才成为优势宗教。伊斯兰教的包容性使之在印度尼西亚的传播具有优势，此情形在爪哇最为显着。
荷兰殖民地时期
印度尼西亚人与欧洲人首次正规接触始于1512年，由佛朗西斯科·施兰（Francisco Serr?o）带领葡萄牙商人寻找并垄断马鲁古群岛上的肉豆蔻、丁香及荜澄茄等资源，随后荷兰商人也到印度尼西亚。荷兰于1602年成立荷兰东印度公司，并成为欧洲位于印度尼西亚的主要势力，曾遭遇印度尼西亚人民武装抗争，荷兰东印度公司于1800年破产解散，荷兰政府续而成立荷属东印度接管印度尼西亚殖民地。
在多数殖民统治期间，荷兰在海岸堡垒以外的控制力相当薄弱，直到20世纪初期荷兰统治范围才扩张至今日印度尼西亚的版图。第一次世界大战完结之后，当地人开始争取自治。虽然在印度尼西亚独立战争时内部政治、社会、宗派分歧，但印度尼西亚人团结一致争取独立。
第二次世界大战中1942年日本入侵印度尼西亚，荷属东印度战役爆发，3月日军占领荷属东印度全境，印度尼西亚进入印度尼西亚日治时期。最初日本推行“三亚运动”，但并未获得认同而告失败；转而拉拢国族主义及伊斯兰力量。日本训练了年轻人武装，成为在独立战争中的军事力量，但战后联合国报告指出在日本统治时期有400万人因饥荒及强制劳动而死亡。
独立时期
印度尼西亚独立革命
1945年8月15日，日本投降，而盟军东南亚战区最高统帅路易斯·蒙巴顿命令日军不得将权力交给印尼任何党派。在日本投降仅两天后，深具影响力的印尼领导人苏加诺宣布印尼独立，并出任总统职务。1945年9月29日，依据波茨坦会议决定，同盟国派出英国登陆印度尼西亚接受当地日军的投降，1946年11月下旬，英国军队从印度尼西亚完全撤出。而荷兰军则在10月中重返印度尼西亚，在1947年1月，荷兰军攻击了东面爪哇。同年7月21日，12万的荷兰军在印度尼西亚全境进攻，宣称其为恢复殖民地秩序的“警察行动”（Aksi polisionil）。印度尼西亚军放弃了都市部，在农村部进行游击战。在1948年12月19日，荷兰军在印度尼西亚全境再次进攻，让临时首都日惹陷落，并逮捕苏加诺、哈达等共和国领袖。荷兰当局则试图重建政权，但面对国际压力及谴责，且与印度尼西亚战争消耗了荷兰的经济，冲突于1949年12月结束，荷兰宣布印度尼西亚独立（不包括荷属新几内亚，该地区由于1962年的《纽约协定》及1969年《自由选择法》而并入印度尼西亚）。
自建国后，苏加诺一直实施独裁统治，借由平衡军方反对势力及印度尼西亚共产党维持其权力。1965年9月30日印度尼西亚发生了“九·三〇”事件，部分印度尼西亚军方高层意图推翻苏加诺政权，后事情败露被处决，军事强人苏哈托镇压叛军后掌握大权，此后苏哈托组织部队进行fangong清洗和推翻苏加诺，印度尼西亚共产党策动政变而受重创，包含华人和印尼共产党员在内约有50万人受害。1967年2月，苏加诺被解除总统头衔，苏哈托出任代理总统。1968年，军队司令苏哈托正式出任总统一职。
苏哈托的“新秩序”获得美国政府支持，促进对印度尼西亚的外商直接投资，成为之后30年印度尼西亚经济实质成长的重要因素，然而独裁倾向的“新秩序”被指责用以贪污及压制反对势力。
1997年，印尼于亚洲金融风暴经济遭受重创，引发大规模对“新秩序”政策的不满，并引发大规模排华动乱，苏哈托被迫于1998年5月下台，结束32年执政，政治意识形态也重新洗牌。
1999年，东帝汶举行公投决定独立，也结束了25年来印度尼西亚备受国际谴责的军事占领。苏哈托下台后，民主化进一步巩固，包括地区自治，并于2004年进行首次总统直选。政治及经济上不稳定、社会动荡、贪污延滞了民主化进程，但于近年来经济情况有所好转。虽然在不同宗教及种族间尚称和谐，但仍有各教派间的不满及暴力事件发生。与亚齐分离主义的冲突也于2005年告一段落。
2014年3月，印尼总统苏西洛签署2014年第12号总统决定书，正式废除1967年第6号通告，把“支那”(cina)改称“中华”。1967年第6号通告是印尼前总统苏哈托时代的产物，包含对中国与华人的国格和人格的歧视与侮辱。当地华人表示，40多年来对中国和华人的歧视称呼将一去不复返了，这是印尼民主政治进步的体现。