在把张同敞带走之前，孔有德也没忘了还以颜色，同样把他也给鄙视了，张同敞欲同他对骂，奈何孔有德无赖的很，根本不给他第二次机会。
有人来堵他们的嘴，张同敞二人自然不肯，厉目回瞪回去，而后不再同孔有德废话，而是双双昂首阔步走出了衙门。
二人被幽禁在小黑屋里四十多天，在泅渡漓江回桂林城之前，张同敞便对他的朋友钱秉镫说：“时事如此，吾必死之。”
而孔有德关押二人是想要劝降二人，又怎会如愿呢？不久后孔有德还查获了二人传递给外面的密信，见这二位关押的越久越有精神，还给锦衣卫充当起间谍来了，孔有德发现留下他们只能是徒增后患，终于下令将二人处斩。
张同敞二人被囚禁四十多天后，于桂林叠彩山仙鹤岭下就义。
临刑前张同敞腹稿了绝命诗一首，而他双臂一段，这些日子一直是于元烨帮他代笔的。
可被行刑的当天，据说张同敞的右臂忽然就能伸动了，左臂则仍然动不了，而当他写下了这首绝命诗后，右臂复又痛不可忍。
后人嗟叹此诗，真的是绝笔。
此诗无名，开篇有一句写给瞿式耜的寄语，并让瞿式耜将此诗转寄给雪公和道公两名老师，他说：
敢烦老师寄雪公、道公两师，如别山之左右手也。孤臣同敞囚中草。
一月悲歌待此时，成仁取义有天知；
衣冠不改生前制，名姓空留死后诗。
破碎山河休塟骨，颠连君父未舒眉。
魂兮懒指归乡路，直往诸陵拜旧碑。
据说，张同敞的人头被刽子手砍落在地时，他的头颅弹跳了三下，天空也同时响起了三声震雷，吓得在场的刽子手和清军们全都周身打了个哆嗦。
孔有德更是双膝一软，扑通跪倒在张同敞面前，磕头如捣蒜，把额头前的月亮门儿全都给磕破了，还一边磕头一边扇自己耳光说：“张大人啊，是小人该死，小人该死，小人错杀大人了，以后啊，有德保证年年拜祭大人!”
与他二人同殉难者还有靖江王朱亨歅，这位其实是永历皇帝的皇位的竞争对手来着，还曾造反夺过他皇位的，南明的朱家子孙根本就没有任何同宗同胞的情义，相互间剩下的就只有撕逼了。
只是靖江王朱亨歅想要登基，因瞿式耜不支持他，而支持永历皇帝，朱亨歅麾下大将焦琏又把他给卖了，是以朱亨歅兵败后一直被幽禁在桂林。
如今靖江王朱亨歅终于可以重见天日了，可马上又将前往另一个世界。
张同敞殉国后，曾和方以智一同被王化澄迫害，便也选择出家为僧的金堡，致书一封给孔有德，请求准许他去收殓尸身。
孔有德没有拒绝金堡的要求，只不过金堡一个无处挂单的僧人也没什么银钱，只能将几人薄棺浅葬于白鹤山下，（现桂林市七星区朝阳乡唐家村东侧）。
张同敞的曾祖张居正，被誉为大明第一宰辅，万历朝任内阁首辅十年，实行一系列的改革措施，
在军事上，他重用戚继光、李成梁等名将镇北边，让大明铁军威震辽东。他用凌云翼、殷正茂等平定西南叛乱，一时间大明海晏河清。
在吏治上，张居正实行了‘综核名实’，采取至今都在使用的“考成法”来考核各级官吏，使得在大明万里疆土中，中枢下达给两京一十三省的政令，“虽万里外，朝下而夕奉行”，一时间大明政局为之肃然。
十年啊，张居正做出这些成绩仅仅用了十年，若不是万历亲政后的折腾，非要立福王那个铁公鸡而不立长子朱常洛，因此直接将朱常洛和朱由校父子培养成两代文盲，甚至万历还因此旷朝数十年，还因到底立谁为太子与大臣有着长达十五年的所谓‘国本之争’，一气之下连官员都不用了，并让所有原有的官员在原位置上工作到老死为止，而后官位便空出来，造成朝政瘫痪，大明不会迅速垮掉，的张居正的改革更是绝对可以挽救大明的。
还有财政上，张居正大力清仗天下田亩、推行“一条鞭法”，总括赋、役，皆以银缴，一番精耕细糯之下，国家太仓的存粮可支十年，几乎比肩文景之治时期了。而国库积金更是达到了四百余万两。
也就是说，若无张居正改革，万历皇帝根本拿不出军饷去搞什么万历三大征，更遑论福王去洛阳就藩时分出一半私房钱数百万两给最疼爱的儿子分家了。
而他的皇陵仅仅比其余十二皇陵多修了一道外城围墙，便足足多花了四百多万两。
大明第一宰辅张居正，有着生前景盛，是除了秦良玉这名武将军神之外，明代唯一生前被授予太傅、太师的文官。
他为了万历皇帝，为了大明，为了天下苍生劳累而死，却也没享受死后哀荣，死后被明神宗抄家。
虽据说被查抄的家产颇丰，可若连自己家都穷的底儿掉，他还又怎么资格让大明天下富足？儒家讲究的是修身齐家治国平天下，这四点张居正都做到了。
而到了他的曾孙张同敞这一代，就已经很惨了。张同敞，没有妾室，没有余才，有一发妻许氏，乱世之中陪着他颠沛流离，患难与共。
张居正是直到天启二年才被平反，而他的后人的生存状况并没有因其被平反而得到改观。直到了崇祯十三年，皇帝才下诏追复了张居正长子张敬修的官职，而张敬修早在万历年间就已经死了，崇祯有授张居正曾孙张同敞为中书舍人。
啥是中书舍人呢？说好听些是天子近臣，可崇祯身边有他信任的人吗？
所以说不好听的，张同敞就是崇祯的秘书，给他跑腿打杂的七品小官儿而已。
张同敞和唯一的发妻许氏并没有留下子嗣，徐氏也在同敞殉国后不久便抑郁而终了。
桂林兵城破后，逃回柳州的赵印选和胡一青被芊芊降为参将，命其在柳州戴罪立功，而王永祚、蒲缨、杨国栋、马养麟则刚一逃回到柳州，便被堵胤锡和陈友龙抓起来军法处置了。