随着闯军的包围圈越来越小，左良玉当机立断，抛弃前面的部队，仅带着后面的五千人马从闯军的包围圈中杀了出去。回到武昌城的时候，手下就剩下不到两千人。此时天边刚刚泛起鱼肚白，左良玉回头看着后面稀稀拉拉败兵，简直心在滴血啊。这可都是自己一手带出来的精锐啊，自己能雄据九江，既不听朝廷的，也不怕张献忠，就是因为有这几万精锐在。可如今三万精锐出城，就回来了这么点人。遭此大败，接下来两万人是很难守住武昌的，而且还有一万是水军。进城之后，左良玉便带着两万大军登船顺江而下，直奔九江而去。
待天大亮以后，城外的战斗早已结束，左良玉的三万大军除了逃走的两千，其余的伤亡近七千人，剩下的两万全部投降了李自成。此时的李自成自信满满，带着十万大军浩浩荡荡来到武昌城下，此时的武昌城已是一座无人把守的空城。李自成兵不血刃便拿下了武昌。进城后，他大宴群臣封赏士卒，尤其是对宋献策大加赞赏。称其为“周之姜尚，汉之张良。”给牛金星嫉妒的不行。在武昌休整了两日后，李自成留下五千人留守武昌，自己带着十二万大军顺江而下，直奔九江与李过汇合。
而此时的李过已将九江城的陆路围的水泄不通，但江面上他确实无能为力。同时十五万大军轮番上阵，对九江城发起了不间断的进攻。左梦庚不停的给他的父亲左良玉发求援信，左良玉一路顺江而下，一刻也不敢停留。到达九江后，连歇息的时间都没有，直接投入了战斗，因为驻守九江的人马已经是连日苦战，精疲力尽了，左良玉再不回来恐怕就要破城了。由于左良玉的两万生力军的加入，九江城暂时没有被攻破的危险。但好景不长，随着李自成的十二万大军的到来，九江城压力瞬间成倍增加。李自成一到九江，便召集一众心腹将领商议攻打九江的事宜。刘宗敏出列道：“闯王，明日让末将率军攻城吧，我一定将九江给拿下来。”郝摇旗也出列道：“刘将军野战无双，这攻城嘛，还是交给我吧。”随后一众将领各自上前请战，李自成一时也不知道派谁去。于是看了看宋献策道：“军师以为如何？”宋献策摸了摸胡子道：“江南水网密布，我们没有水军很难将九江守军全歼或困死。且左良玉上过一次当了，他绝不会在出城与我们决战，此次我们只能强攻。之前李过将军已经消耗了明军很多兵力，从明日起，只要我们不间断的攻城，攻下九江只是时间问题。然而以左良玉手里有兵就是王道的德性，我料定他不会在九江与我们决战。只要他的损失太大，他一定会放弃九江，要么退到南京，要么走水路转进鄱阳湖躲起来。因此只要我们连续攻城，不出五天，闯王定能在九江城中高坐。”听完宋献策的分析，李自成满意的笑了笑道：“既然如此，大家就别争了，从明天起，你们各自领着本部兵马，轮番上阵攻城。”“喏！”众将领命而去。
次日一早，隆隆的战鼓声响起，随即便传来了闯军士兵震天动地的喊杀声。城楼上的明军随即便开炮对城下的明军进行无差别的轰击。但明军用的都是实心弹，对步兵的杀伤并不大。很快闯军便冲到了城墙下，城楼上箭如雨下，闯军士兵成片成片的被射倒。然后是各种滚木雷石劈头盖脸的往下砸，还有震天雷，火油等都不断的往闯军身上招呼。经过一上午的激战，闯军损失了近五千人。然而李自成却并不在意，就连吃饭的时间，也没有停止攻城。城楼上的明军正在吃午饭，突然就听见城墙外又传来震天动地的喊杀声。很多明军士兵根本来不及吃饭，便拿起武器准备战斗了。随着明军体力的耗尽，左良玉不得不每两波进攻后，就换一批人上城墙防守。一上午下来，这已经是第三波人了。经过整整一天的激战，直到傍晚时分，李自成才收兵回营。而九江城里的明军却是横七竖八的躺在地上休息。一天下来，大家都累的够呛，就连左良玉也有些吃不消了。吃完饭后，早早的便去睡觉了。
次日一早，左良玉还在睡梦中，突然耳边隐约传来了喊杀声。他一根头爬起来，仔细一听，他确定自己没有听错，于是赶紧命人给他穿好衣甲便往城楼而去。而闯军依旧要用昨天的战法，轮流攻城。而且今天攻城的人都是昨天观战的人，昨天攻城的人今天就在后面观战。而且还有几批人没有参过战，还在后面排着队。可左良玉的兵就有点惨了，昨天所有的人都参战了，而且每一批人都是经过了苦战的。按理说现在该休息，可没办法，谁让自己兵少了。于是左良玉也开始让士兵们轮流上去守城。第二天又激战了一天，李自成还是直到傍晚才收兵回营。而左良玉的这边的兵可就吃不消了，连续两日的苦战，论谁也受不了。于是很多人开始发脾气闹情绪，甚至有一些将领成群结队的去找左良玉，建议他先撤兵保存实力，日后再战。左良玉虽然也不想再守了，可他还是不甘心，他已经放弃武昌了，再放弃九江，他实在不愿意。于是他决定明日再守一日，若李自成还是如此攻城，那他便准备撤出九江。正如他所预料的那样，第三日一早，闯军又开始攻城了。而且今天攻城的人数和强度比前两天要大的多，因为李自成将自己的精锐派上去了。又经过一天的苦战，整个九江城已经岌岌可危了，甚至白天交战之时，有三次闯军已经冲上了城墙。是左良玉带着自己的亲兵将闯军硬顶回去的。随着夜幕降临，左良玉在城楼上巡视，他发现江面上有些明军士兵趁着夜色便偷偷的驾船跑了，但他没有办法，因为他自己也要走了，如果再不走，可能就要交代在这里了。随即他便找来了左梦庚道：“你去准备船只，今夜我们便弃城东撤，前往南京。”左梦庚点了点头便去准备了。
时间刚过子时，左良玉便带着儿子左梦庚登上了战船，随后带着还有战斗力的四万大军登上了战船，而城里的一万多老弱和伤兵，就让他们自生自灭了。随着船队的远去，城里的明军早已心如死灰。次日一早，明军将领便带着九江城的一万多老弱和伤兵打开城门，投降了李自成。