艾亚哥斯与一辉交战，面对艾亚哥斯的神鹫飞翼及银河幻像，一辉并没有倒下。相反，一辉每一次被击倒后站起来实力便更强。最后，一辉使出了凤凰幻魔拳及凤翼天翔把艾亚哥斯打败。这时一辉的身体突然消失，原来是被潘多拉的三叉戟力量把他由第五狱传送到朱狄加神殿，带到了哈迪斯的面前。一辉见到面前的瞬，想起了年幼时遇到潘多拉的情境。原来瞬早已被哈迪斯选为自己的肉体，当时被潘朵拉带上瞬颈上的吊饰就是证明。
一辉的攻击对变成为哈迪斯的瞬完全没有作用，还被哈迪斯所伤。哈蒂斯接着说出大日蚀的秘密，数分钟后太阳系里的所有行星会排成一直线，地球因为被月球遮盖，所以会出现日蚀。不过这次日蚀后地上以后再不能看到日光了。大冰河时期会降临，所有生命都会死亡，地上变得黑暗及冰冷，也会成为冥界。
一辉为了救回地上的世界，使出了凤翼天翔，可是反而被哈迪斯小宇宙的力量所伤。当哈迪斯要全力把一辉干掉的时候，瞬的身体违抗哈迪斯的意志，阻止了哈迪斯，瞬的灵魂也出现并要求一辉把他的肉身连同哈迪斯一同消灭。
正当一辉要对哈迪斯出手时，潘多拉虽然出手制止，但一辉受到仙女座星云锁链的保护。最后一辉向瞬击出致命一拳，但是中途停止了，他还是不忍心对弟弟的身体出手。
而这时瞬的头发变成了黑色，他已经被哈迪斯完全控制了。一辉更立刻被打败。潘多拉命令天哭星巴连达因把一辉带到冰地狱慎重处置。
哈迪斯突然感到一股不安的小宇宙，要潘多拉退下，自己单独待一会儿。
另一方面，星矢在冰地狱醒来，正巧巴连达因带着一辉到来。星矢以雅典娜圣衣作赌注，诱使巴连达因把他放出来与之对决。但星矢根本伤不了巴连达因丝毫，反而被其绝技生存欲望打倒在地。当潘多拉退下后，处女座沙加来到哈迪斯的面前。沙加要向哈迪斯攻击的时候，这时沙织出现并阻止了沙加。
面对巴连达因的攻势，星矢顽强的战斗着。为了不使雅典娜圣衣落入敌人手中，星矢燃烧起最后一刻的小宇宙，使出天马流星拳将其打倒，自己也精疲力精倒下了。
在朱狄加神殿，沙织请求哈迪斯以神力阻止大日蚀，并愿意以自己的生命作交换，沙加要反抗的时候被沙织制止。接着，哈蒂斯用枪刺向沙织，不过沙织以空手接住而受伤，血流到哈迪斯的身上。瞬接触到雅典娜的血令小宇宙开始苏醒，几经挣扎后终于令哈迪斯的灵魂从瞬的身体里走了出来。哈蒂斯的灵魂向沙织作出攻击，在爆炸后二人消失不见了。另一方面，冰河、紫龙和童虎因感应到沙织小宇宙消失而急忙赶往神殿。
星矢赶来唤醒了瞬，发现朱狄加神殿后面的叹息之墙，同时沙加也告诉星矢，沙织为了追赶哈迪斯而到了墙壁的另一面，这是除了神以外任何人都不能进入的地方。
另一方面，在冰地狱的穆、艾欧里亚、米罗及一辉得到雅典娜的小宇宙复活过来，而一辉却离他们三人独自离去。星矢的拳打不破叹息之墙，想以身体撞向墙壁，不过被沙加出手阻止。
沙加对瞬说，要打破可叹之墙是必须要借助太阳光，不过这里是地狱的最深处，所以阳光不可能照射进来。接着，沙加以牺牲自己小宇宙的力量发出比拟太阳的光芒冲击可叹之墙，不过未能成功。这时，童虎赶来阻止了沙加，随后穆、艾欧里亚及米罗也来到了朱狄加神殿。童虎对各人说，只要集中黄金圣斗士的力量，是有可能造出太阳光的，所以把天秤座黄金圣衣的武器交给穆、艾欧里亚、米罗及沙加，众人一齐向叹息之墙发动攻击。
在叹息之墙面前，童虎他们的攻击还是被反弹了回来。与此同时，世界各地正同时发生着日蚀，圣域的魔铃他们推测这很有可能是永恒日蚀。正当星矢想独自牺牲自我打破墙壁时，圣域十二宫中已死去的黄金圣斗士的圣衣飞到冥界，十一件黄金圣衣齐集，产生共鸣。正在赶去朱狄加的加隆发现其它的黄金圣衣呼唤着双子座圣衣，虽然面前出现强敌拉达曼迪斯，还是把圣衣除下，以小宇宙把圣衣送到朱狄加，交还给撒加。最后在没有圣衣保护的情况下加隆抱着拉达曼迪斯使出银河裂星拳同归于尽。得到加隆把双子座圣衣送来，十二件黄金圣衣齐集，这时圣衣突然开始解体。
十二件黄金圣衣齐集，圣衣开始解体，已死的黄金圣斗士们的灵魂穿上圣衣，向星矢众人做最后的告别。
射手座艾欧洛斯取出弓箭，准备射向叹息之墙，这时童虎命星矢及瞬离开。最后，十二个黄金圣斗士燃烧自己的全部小宇宙，攻击可叹息墙。
冥界三巨头之一的天贵星米诺斯赶到，用宇宙提线傀儡击败星矢他们想阻止黄金圣斗士们破坏叹息之墙，就在打开大门时发生强烈的爆炸，把米诺斯震飞了出去。星矢、瞬进入神殿，见到叹息之墙出现了一个大洞，黄金圣斗士们全部消失，只剩下十二件黄金圣衣。这时，紫龙及冰河也赶到。他们正为悲痛黄金圣斗士们的牺牲时，潘多拉也发现一辉也从冰地狱回到了神殿。
在这里，众人还经历了一番苦战，最终108冥斗士全部战死，五小强，也全部顺利通过了异次元空间，进入了到极乐净土。
星矢最先到达了极乐净土，满身的泥土与血汗令极乐净土的妖精们受惊。死亡之神达那都斯出现，一击把星矢击倒；睡眠之神休普诺斯这时也赶来了。星矢从达那都斯和休普诺斯的对话里知道雅典娜还未死去，她被休普诺斯捉到哈迪斯神殿中，封在传说的神圣大瓮之中。当大瓮吸去雅典娜的血液而变成红色时雅典娜便会死去。星矢知道后站起来亦赶向神殿，达拿都斯立时攻击星矢。虽然星矢避过了第一击，但是最后还是被达拿都斯打倒。星矢最后使出天马彗星拳击向达那都斯。
在圣域，魔玲找到了星矢的姐姐星华。原来在六年前星矢被送到圣域后，星华走到希腊找寻星矢，不过却失足跌落山下而失去记忆，此后一直住在圣域的附近。
另一方面，星矢的彗星拳令达那都斯受了轻微的伤，令达那都斯大怒，要令星矢的精神及肉体都受到痛苦。达那都斯以小宇宙攻击正在圣域的星华。不过幸好有魔玲、莎尔娜、贵鬼及邪武等一班圣斗士以身体围在周围保护着星华。魔玲、莎尔娜等人以小宇宙筑起保护墙，但还是被达那都斯一击打伤。
这时把一切映像看到眼里的星矢终于忍耐不住，使出天马回旋碎击拳，可是也没能打倒达那都斯。在这绝望的时候，瞬、紫龙及冰河相继到来支援星矢，但是全被达那都斯打倒。最后一辉也赶到，使出凤翼天翔把达拿都斯的头罩打破，但是达那都斯拿出真正实力使出绝技恐惧的神意把一辉圣衣打得粉碎。在超次元另一面的冥界，十二件黄金圣衣发出共鸣，达那都斯于是把其它四人的圣衣也都一一击碎。这时，五人都穿上了通过超次元来支援他们的黄金圣衣。
星矢、紫龙、冰河、瞬、一辉分别穿上了射手座、天秤座、水瓶座、处女座及狮子座的黄金圣衣迎战达拿都斯。
可是合五人之力也未能打败达那都斯，相反达拿都斯用绝技恐惧的神意也把五件黄金圣衣打得粉碎。
自神话时代以来，一次也未曾被破坏过的黄金圣衣，居然被达那都斯打得粉碎，令星矢他们也开始放弃希望。不过，当星矢的意识逐渐消失时，他听到了沙织的声音，说他们不是什么也没有，只要还有生命，就可以再次创造奇迹。
同时，星矢也听到来自圣域的众人鼓励的声音；还有已经恢复记忆的星华的声音，令星矢从新站起来。这一次，星矢的小宇宙无止境地燃烧，令化成了灰的天马座青铜圣衣复活，变成了最强、最后的神圣衣。星矢穿上了神圣衣后，力量完全恢复过来，连达那都斯的绝技恐惧的神意也能够抵挡，最后使出天马流星拳及天马彗星拳把达那都斯击败。
星矢为了救沙织，带着雅典娜的圣衣，先向哈迪斯神殿进发，一辉则牵制着赶来增援的休普诺斯。不过身上没有圣衣的一辉很快被休普诺斯打败。在这危急的关头，仙女座的星云锁链解救了一辉，仙女座神圣衣也复活过来，穿在瞬的身上。瞬叫一辉先走，去支援星矢，自己对付休普诺斯。交战不久，瞬被休普诺斯的绝技永恒的睡眠打倒。这时，紫龙、冰河的天龙座及白鸟座神圣衣亦都复活。二人避过了休普诺斯的永恒的睡眠，使出庐山升龙霸、钻石星尘拳合力把休普诺斯打败。
在哈迪斯神殿，星矢对大瓮的攻击完全没有作用，反而被大瓮反弹回来的攻击所伤。一辉也赶到支援，不过凤翼天翔亦不能损坏大瓮分毫。可是一辉因为沾到了雅典娜之血而令身上的凤凰座神圣衣重生。接着星矢及一辉集合二人的力量也不能把大瓮打破，最后一辉想到直接攻击哈迪斯自神话时代以来便一直沉睡的肉体。于是二人向哈迪斯的肉身石棺奔去，不过到达后哈迪斯的灵魂回到肉身，破棺而出。
哈迪斯复活，用小宇宙把星矢、一辉弹开，企图用神剑把沙织及大瓮一起劈成两半，一辉拼死挡下这一击。这次星矢亦拼命保护沙织，以身体挡了一剑，站在大瓮的前面。这时紫龙、冰河及瞬也赶到，五人集中力量，燃烧小宇宙，向哈迪斯作出攻击，可是，哈迪斯并未倒下，还向五人反击，连他们身上的神圣衣也出现裂痕。
哈迪斯因为受到五人的攻击而受伤，这时他记起了在神话时代，亦曾有一次被圣斗士打伤，这个圣斗士长得跟星矢一模一样，也是天马座的圣斗士。哈迪斯决定把星矢彻底消灭，星矢以彗星拳反击，不过并没有作用。这时哈迪斯向众人展示地上大日蚀已经完成，世界将会变成黑暗。当哈迪斯向星矢发动最后一击时，突然剑被弹开，球形的物体保护着星矢；紫龙、冰河、瞬、一辉也受到相同的保护。原来是沙织制造的生命之球保护着他们，并将送他们回地上的世界。另一方面，关着沙织的大瓮失去血红色，血流回沙织的身体内。
当哈迪斯要消灭沙织时，星矢向大瓮扔出雅典娜的圣衣，沙织亦破瓶而出，穿上了雅典娜的圣衣战斗。沙织开始不敌哈迪斯，在被杀之际，星矢眼见沙织有危险，想不都想就打破生命之球，挡在沙织的面前保护沙织，向哈迪斯发出天马流星拳，令哈迪斯倒下，可是胸膛也捱了哈迪斯的一剑而小宇宙慢慢消失，沙织非常伤心。哈迪斯站起来，嘲笑星矢白白送命的愚蠢行为，令沙织大为愤怒。紫龙、冰河、瞬及一辉也冲出了生命之球，四人连同沙织的力量攻击哈迪斯，终于利用黄金权杖置哈迪斯于死地，大日蚀也逐渐消散，众人亦回到光明的世界。
而这就是整个冥王篇的剧情，是圣斗士正篇故事的最后一章。至于说之后的各种篇章，也不能说他们是番外或者外传，因为其他篇章的故事，差不多等于是在不断的补齐故事线，每一代的圣斗士，每一代的雅典娜，以及每一代的各种圣战。但这正意义上的最主要篇章，就是这一代的故事，最终结果，就是以哈迪斯的失败而告终。
是的，失败，但不是战死，神灵是不会被杀死的，他们只能被封印。
除非，是直接吞噬掉他们的神魂！
圣域，雅典娜的宫殿，星矢从巨大的软床上爬起来，后面，雅典娜还在沉睡之中。
他信步走到巨大的阳台前，低头俯视，一道道的死气，出现在他的视线之中。
看到这一幕，星矢不由得咧嘴一笑。
“波塞冬的惨状在前，你居然还敢冒出头来，也不知道是谁给你的勇气，很好，正好的神魂还略有不稳，这一次，就拿你开刀好了。”