大明的军队建制是卫下辖千户所，千户所下辖百户所，百户所下辖总旗，总旗下辖旗，旗是最基本的作战单位。而所有军地中的军卒都是实行世袭制，其目的是为了保证军队的忠诚度，战斗力，以及数量。可惜后来慢慢崩坏，卫所制的军卒都成了那些将领的私奴了。
如今的大明全国共有394个卫所，其中有65个守御千户所是独立建制不受卫的约束的。它们一般都分布在要害地区或两卫之间无法衔接的部位。
通常情况下，一卫统辖五个所，兵员在5600人；卫的指挥机关桨指挥使司”，设指挥使一人，正三品指挥同知二人，从三品指挥佥事四人，正四品卫镇抚二人，从五品经历一人，从七品知事一人，正八品吏目一人，从九品仓大使、副使各一人，各司其职，逐级负责。
一个千户所下辖十个百户所，兵员1120人；千户所设正千户一人，正五品副千户二人，从五品所镇抚（镇抚是专管军纪的官员，百户缺员时可代百户行使职权）二人，从六品吏目一人，与上文提到的65个独立的守御千户所的官兵配置大体相同。
一个百户所下辖两个总旗，兵员112人；百户所设正六品百户一人，从六品试百户一人。总旗下辖五个旗，兵员56人；旗管辖10名士兵。
而卫和卫也有区别。其中最大的区别就是在这所有394个卫所中，可分为内卫和外卫两大类。
外卫的管理机构叫都司，省级管理单位叫都指挥使司，简称都司。明初按地域划分都司使司23个，所辖卫所347个，分别隶属于五军都督府（即前后左右中五军）直辖于兵部。
内卫分京营和亲军都护府，京营又分南京京营和北京京营，共设卫35个，主要负责京师的守备；
亲军都护府设卫12个，主要负责皇宫的守卫、皇帝的护驾等项事宜，亲军都护府由皇帝直接指派的亲信大臣统辖，不受兵部领导。
亲军都护府的第一卫叫锦衣卫，下辖17所，主要负责皇帝出行的护驾、护卫、仪仗和皇帝交办的缉捕刑狱、密侦查抄等项事宜。在锦衣卫中由皇帝钦典忠诚奉守，武功高强者180人为带刀侍卫，用以守护皇宫大殿，时刻不离皇帝左右，享有无尚的权利。锦衣卫同内务府的太监有着本质的区别。
以上各卫所的隶属关系和统辖规模在太祖去世后的历代继承者中，根据个饶需要都有很大的变动。不是一成不变，但是变动也不是很大，有变动的地方也都是以边境或是京师为主。
上述提到以守御为目地的军队建制如果遇到大规模的战事时，则由皇帝亲自点将称“大将军”一名，“副将军”多名，由兵部酌情征调各卫所由指挥使和正千户分别带队集结从征，战后官军各回其卫所。
在卫所中占压倒性多数的是分散设置在大明全境的外卫，也就是都司卫所。在和平年代外卫的职能是：戍军（从事戍守城池、巡逻和海防），屯军（从事军屯之耕作），运军（从事运输通讯），班军（轮流上京城执行勤务的番上和轮流在边境执行勤务的番戍）等。当然，根据卫所所在地具体情况的差异，有的以戍军为主体，有的以军屯、运输和执行勤务为主等等多种多样。
明朝禁卫军指驻扎京师以卫京城之军。明太祖定都南京，集全国卫军精锐于京师。遇兵事以京军为主力，抽调各地卫军为辅。洪武中有留守等四十八卫。永乐迁都北京后，以京师置于国防前线，成为全国的军事中心，增为七十二卫，并定制立京军三大营，就是明朝前期着名的五军营、三千营和神机营。
永乐八年（1410），分步骑军为中军，左、右掖，左、右哨，称五军营。除统领在京卫所外，还统领每年从中都、山东、河南、大宁各都司轮番到京师操练的兵士十六万人。三千营以边外降丁组成，分为五司。神机营专用火器。永乐时，征交址，得火器法，立营肄习。提督内臣、武臣、掌号头官的设置同三千营。
皇帝亲军共26卫(不隶属五军都督府)：锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫(以上12卫，洪武时设置)。金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫(以上10卫，永乐时设置)。腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫(宣德八年设置)。锦衣卫：掌侍卫、仪仗、缉捕、刑狱。旗手卫：掌旗鼓、守卫。府军前卫：统领幼军(补充兵)。金吾、羽林等十九卫，掌守卫巡警。腾骧等四卫，掌随驾护卫。
明代的军制，继承发展了唐、宋、元三朝的兵制特点，建立了卫所制。明代的军籍是世袭的，卫所兵有定籍，兵农合一，屯守兼备，不但保证了兵源，也满足了军队的供给。明代的卫所极其庞大复杂，分为直属皇帝的亲军京卫和五军都督府下辖的卫所。其中又有屯垦卫，驻守卫、戍军卫和护卫。全国的卫军人数多达二百余万，在明中后期都超过了二百六十万。
亲军上直二十六卫，分别是：金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫、锦衣卫、旗手卫（以上旧为上十二卫）、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫、武功中卫、武功左卫、武功右卫（此三卫为军匠，隶属工部管辖）、永清左卫、永清右卫，已上俱不属五军都督府管辖。
五军都督府所属卫所既有在京的也有在外各省的，其中左军都督府在京管辖：留守左卫、镇南卫、骁骑右卫、龙虎卫、沈阳左卫、沈阳右卫六卫。在外下辖浙江都司十六卫、三十八个千户所；辽东都司二十五卫、十八个千户所；山东都司十九卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。
右军都督府在京管辖留守右卫、虎贲右卫、武德卫三卫。在外下辖直隶都司一卫，陕西都司二十八卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。陕西十二卫、三个千户所。四川都司十一卫、十个千户所，二个仪卫司、一个群牧所。广西都司十卫、二十三个千户所、一个仪卫司。云南都司二十卫、二十个千户所。贵州都司十七卫、十二个千户所。
中军都督府在京下辖四卫，在外下辖直隶都司二十六卫、十六个千户所、中都（凤阳）七卫、一个千户所。河南都司十二卫、六个千户所、七个仪卫司、四个群牧所。
前军都督府在京下辖三卫。在外下辖直隶一卫，湖广都司二十七卫、三十三个千户所、四个仪卫司、三个群牧所。湖广七卫、九个千户所、三个仪卫司。福建都司十六卫、二十个千户所。江西都司四卫、十一个千户所、三个仪卫司、二个群牧所。广东都司十五卫、五十一个千户所。
后军都督府在京下辖二十卫。在外知直隶三十四卫、十二个千户所。河北都司二十三卫、八个千户所。山西都司九卫、九个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。
如今经过正统十四年的土木堡之战以及后来的京师保卫战之后，大明的军队损失惨重，且大多数都被抽调聚集北京，参与京师保卫战。地方卫所除了边防重镇以及要害区域外，大部分卫所都已经能所剩兵员不多了。
而之后的军事改革，则是直接将两京，既大明京师北京以及旧都南京的所有侍卫亲军全部裁撤干净，包括南京北京35卫，亲军都护府12卫包括锦衣卫以及京师三大营在内一个不留。
各地都司23个，所辖卫所347个也在这一次的新军移镇中有很多被直接取消，其中就包括由原左军都督府管辖的浙江都司的几个卫所，山东都司三个卫所。原右军都督府管辖的陕西都司，四川都司以及广西都司的几个卫所。原中军都督府管辖的直隶都司，中都（凤阳）七卫、一个千户所。河南都司等卫所。
前前军都督府外辖的直隶一卫，湖广都司，福建都司。江西都司四卫，广东都司等若干个卫所；以及前后军都督府外辖的直隶三十四卫、十二个千户所。河北都司，陕西都司等共计裁撤卫所近60个，裁撤兵员大约在三十四万左右。
另外其他都司下辖三百八十四个卫所，实际皆为少数民族的土官卫，同样在云南、四川、贵州和甘肃也有为数众多的土官卫所，但并不属于大明的正规卫军。也不是朱祁钰第一步裁撤控制的目的，便没有将他们计算在内。
随着新军的移镇，具有大名军事特色的卫所制度也随着卫所的撤销而不复存在，一直被军籍套牢的卫所军户终于可以就地为民，不在成为世代为军的军籍。对于大部分的卫所军户来这都是大的好消息。
新军所到之处，卫所士兵就地全部接粗武装，让后开始向京师急行军。而随着镇国军的到来，卫所士兵的里去，卫所改制，卫所军户该农户没有丝毫阻力的完成，顺利程度超乎想象。政事堂派遣户部全程跟进，全权负责卫所的土堆，人口等登记改革事宜。同时，廉政署负责监督。
一场浩浩荡荡的人口户籍改革和土地改革蓦然开始，声势浩大，牵连甚广，涉及范围更大。但是因为这背后是二十万训练的新军，又有政事堂，军委会，廉政院甚至是皇上都在后面看着，没有人敢使绊子动歪心眼，也没有人敢贪墨和暗自吞没。
四月十日，在镇国军移镇的同时，从石亨外，由新授衔的十位上将军组成的大明第一次中央军事巡视组也随同镇国军一起分由十个方向开始第一次全国巡视。他们主要巡视全国所有军事重镇，边关要塞，以及卫所等。在视察军务和军队生活条件的同时，为镇国军移镇替换卫所做后盾。
同时，考察各地军镇卫所将领，适当的拉出来一些罪孽深重的用来基旗，起到杀鸡儆猴的作用，推进镇国军移镇接防的步伐。也是为了考察建立十个大型军事物资储备仓库的所在地，以及以及日后军队移镇的各处常驻驻点。
京师外南北大营已经失去了之前存在的重要性，第一师以及驻防京师的其他军队都是另行建造的营区。而今的京师南北大营它们的主要功能则是作为训练继续基地，以训练，挑选士卒为主，为军队和警察部队培养人才。
北大营作为镇国军的摇篮，依旧由无崖作为总教官全权负责。而南大营则是由无负责。
空聊南北大营随着镇国军、镇守军以及警察部队的移镇各地，又将陆续迎来一批批新的士卒并将，他们都将在南北大营经过筛选，训练，最终成军，然后又输入到各个军队中去。日后，每年一度的招募新军的训练也将集中在京师南北大营之中进行，经过训练，初步掌握了军队的基本礼仪制度后，方才会放入军队，进行下一步的训练，直至成为合格的士兵，如此循环往复。
四月二十日，在巡视组离京十后，从南京传来消息，南京镇守太监贾云于镇守府内悬梁自尽。之后，巡视南京的巡视组从其住宅内搜出大量金银珠宝以及房契田契数量不等。总价值大约在四百七十万两之多。
四月二十七日，巡视组连同廉政署一起再次往京师发来消息，南京留守机构六部，以及都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等所有机构会同镇守太监贾云以及南京守备勋臣集团大肆贪墨朝廷公款，肆意网络税赋多征加征赋税，贪污腐败，克扣军饷，霸占田产等等恶性罄竹难书。如今已全部被拿下，暂时关押在镇国军驻地等候发落。
消息传入京师，朝堂巨震，大明皇帝朱祁钰更是怒不可遏，于当就下了一道严旨：“命廉政院彻查南京所有留守机构官员，巡视组暂时停留南京协助廉政院彻查。有违法乱纪者，无需详查，直接杀无赦。”
“以往，官员们俸禄低薄，生活难以为继，贪污受贿是为了过日子，朕可以不追究。可是，俸禄朕已经提高了一番，还不能让你们吃饱喝足吗？”
“俸禄提高了，却依然贪赃枉法，收惠受贿，这可就怨不得朕要清洗一番了。对于那些在俸禄提升后依旧反赃枉法的，严惩不贷。”这是朱祁钰的原话，也是这次对反腐行动的定调。
到了五月五日，南京留守朝廷贪腐一案彻查完毕，整个南京留守朝廷全部牵连其郑第二日，也就是五月六日，包括勋贵在内的一千多南京留守朝廷官员，包括正二品六部尚书在内的所有官员全部于南京皇宫门前开刀问斩。
当日，南京万人空巷，所有人齐聚南京皇宫前，观看此次大规模的官员被问斩。
随着一声令下，人头滚滚，血流成河。
然而，现场没有骚动，没有不安，有的是欢呼声雷动，整个南京百姓无不拍手称赞，相互庆贺，鞭炮声接连响起，如同过年。
之后，无数百姓面北而跪，口中万岁声不止。
五月十日，一封圣旨自北京以八百里加急传入南京：“废除南京留守机构，所有牵涉贪腐腐败案中的官员全部查抄家产，举家流放蜀，闵，粤，广西等地。南京勋贵但凡牵扯其中的全部移除，贬为庶民，查抄家产，流放苦寒之地。”
圣旨一出，举世哗然，这是朱祁钰自登基以来第一次大规模杀戮罢黜以及流放朝廷官员，包括勋贵。牵扯的大官员勋贵近千人，连同家族人员近十万人，整个南京勋贵和朝臣被一网打尽，但是无权敢反对或是劝阻。
此次查抄南京官员家族的田产房产以及现银和金银珠宝，锦缎布匹等总价值高达两千多万两白银，这还只是初步估算，具体的数量恐怕还会超过这个数目，这也是朝中大臣没有开口求情的原因。
而此次贪腐案的源头，则是镇守太监贾云。
明洪熙元年(1425)，以王安为甘肃镇守太监，此前镇守中官未用镇守太监之名，以宦官总镇一方始此。正统间各省各镇皆有镇守太监。其掌本限于军事，但却逐渐成了个地方的毒瘤。
五月十一日，朱祁钰再次下旨，召回大明各地镇守太监，以及外派的所有太监内侍，所有镇守太监，外派太监和内侍全部前往军委会监察部报道。同时廉政院连同审察院从旁协助，盘查所有被召回的太监，一经发现有任何腐败现象，无需降价盘问，直接开刀问斩。
同时，军委会连同兵部下了严令，大明各地都司，卫所士兵全部卸甲原地等待，任何人没有军事委员会的军令胆敢擅自调动一兵一卒者，以谋反罪杀无赦。
(本章完)